Amir Zaidan kam 1983 nach Deutschland und lernte die deutsche Sprache in Heidelberg. Danach studierte er mehrere Semester Mathematik und wechselte zum Studium der Kunststofftechnik in Darmstadt. Von 1993 bis 1996 absolvierte er ein vierjähriges Fernstudium der Islam-Wissenschaft auf Arabisch in Frankreich. Er belegte danach in Deutschland sechs Seminare im „Internationalen Zentrum für islamische Wissenschaften" unter Leitung von Prof. Dr. Hassan Hitou. Von 1999 bis 2001 absolvierte er an der Universität Jamia-Nizamia ein arabischsprachiges Masterstudium im Fachbereich „Tafsir und 'Ulumul-quran".

Zaidan veröffentlichte 1996 sein erstes Buch „Fiqh-ul-'ibadat – Einführung in die islamischen rituellen Handlungen" und 1997 „Al-´aqida – Einführung in die Iman-Inhalte". 1994 gründete er mit den Vertretern der evangelischen Kirche, der katholischen Kirche und der islamischen Gemeinden die Islamisch-Christliche Arbeitsgemeinschaft in Hessen (ICA-Hessen), deren muslimischer Vorsitzender er bis 2003 war. In dieser Funktion nahm er an zahlreichen Dialog-Veranstaltungen teil und fungierte auch als Mediator bei interkulturellen Konflikten. Im selben Jahr gründete Zaidan den Islamischen Arbeitskreis Hessen (IAK-Hessen) mit, dessen Vorsitzender er drei Jahre lang war und der das religiöse Konsenspapier Darstellung der Grundlagen des Islam erstellte, das von allen islamischen Gemeinden in Hessen genehmigt und unterzeichnet wurde. 1997 löste sich der IAK-Hessen auf und die Islamische Religionsgemeinschaft Hessen (IRH) wurde gegründet, deren Vorsitzender Zaidan bis Juni 2000 war. Von 1997 bis 2003 war er Lehrbeauftragter im Fachbereich Vergleichende Religionswissenschaft an der Johann Wolfgang Goethe Universität in Frankfurt am Main. 1998 gründete er die erste deutschsprachige Zeitung von Muslimen in Hessen mit, das Freitagsblatt, bei dem er bis 2000 als verantwortlicher Redakteur für Islam und Interreligiöses tätig war. 2001 gründete er das „Islamologische Institut", dem er seither als wissenschaftlicher Direktor vorsteht. 2001 gründete Zaidan mit Vertretern der jüdischen Gemeinde, der christlichen Kirchen und islamischer Gemeinden das Abrahamische Forum, wo er bis 2003 im abrahamischen Team als muslimischer Vertreter, zusammen mit einer Jüdin und einem christlichen Theologen, aktiv war.

2003 siedelte Zaidan um nach Wien, wo er als Direktor des Islamischen Religionspädagogischen Instituts (IRPA), einer Bildungsinstitution der Islamischen Glaubensgemeinschaft in Österreich (IGGiÖ), zuständig ist für die Fort- und Weiterbildung der islamischen ReligionslehrerInnen in Österreich. 2003 organisierte er die Erste europäische Imamekonferenz mit, die die „Grazer Erklärung" verabschiedete. 2005 war Zaidan auch an der Organisation der Ersten österreichischen Imamekonferenz und der Wiener Konferenz gegen weibliche Genitalbeschneidung und 2006 an der 2. Konferenz Europäischer Imame und Seelsorgerinnen in Wien beteiligt. 2006 war Zaidan Chefredakteur und Herausgeber der ersten deutschsprachigen Zeitung von Muslimen in Österreich, „Die Muslimische – Muslimische Allgemeine Zeitung". Seit 2013 arbeitet er nicht mehr für die IGGiÖ und ist aktiv in unterschiedlichen islamischen Vereinen, insbesondere gegen die Ideologisierung und Politisierung des Islam.